Un gène protecteur a été identifié, dès fin 2020, comme déterminant contre les formes graves provoquées par le coronavirus. Une nouvelle étude, publiée début 2022, va plus loin dans la compréhension de ce gène.

Le coronavirus SARS-CoV-2 n’est connu que depuis deux ans : il a été découvert tout début 2020. Bien que la famille des coronavirus soit connue par les scientifiques, la découverte d’un nouveau virus, apte à déclencher une pandémie qui plus est, est un défi pour la recherche. L’une des voies d’étude réside dans l’impact de la génétique sur la forme de la maladie.

Plusieurs recherches ont montré qu’il pourrait très probablement y avoir des facteurs de risque génétiques dans la gravité de la maladie chez certains patients. Mais aussi des gènes protecteurs. « Nos résultats identifient des signaux génétiques robustes liés aux mécanismes clés de défense antivirale de l’hôte et aux médiateurs des lésions organiques inflammatoires générées par le Covid-19 », concluaient les auteurs d’une étude parue fin 2020 dans Nature. Traduction : certains éléments génétiques favorisent la défense du système immunitaire contre le coronavirus SARS-CoV-2 et amoindrissent les dégâts sur l’organisme.

Une autre étude, publiée en mars 2021 dans PNAS, suggère qu’un ensemble de gènes (un haplotype : groupe d’allèles situé sur un même chromosome) hérité de Néandertal réduit d’environ 22 % les risques de devenir sévèrement malade en étant infecté par le coronavirus SARS-CoV-2. « La région génétique où ce haplotype s’exprime encode des protéines importantes pendant une infection avec des virus à ARN », expliquait cette étude.

SARS-CoV-2
Le Coronavirus SARS-CoV-2 (souche originelle) vu par microscope électronique en transmission. // Source : NIAID-RML

Comment identifier le bon variant génétique ?

Une toute nouvelle étude, publiée le 13 janvier 2022 dans Nature Genetics, contribue à son tour aux avancées scientifiques sur cette dimension génétique de l’infection au covid. Là où les précédents travaux se concentraient sur la seule population européenne, cette étude inclut des populations à l’héritage génétique plus varié — Europe et Afrique. Ils ont identifié le variant génétique déterminant, c’est-à-dire un allèle, dans la région génétique identifiée dans les précédents travaux.

« Cette étude montre combien il est important d’inclure des individus d’ascendances différentes. Si nous n’avions étudié qu’un seul groupe, nous n’aurions pas réussi à identifier la variante du gène en question », tiennent à préciser les auteurs dans un commentaire de leur étude, rappelant l’importance d’une approche internationale, sans biais eurocentré appliqué à la science.

Adoptant donc cette démarche croisée, ils ont analysé 2 787 cas d’hospitalisations et les données de 130 997 personnes d’ascendance africaine. C’est ce qui leur a permis d’identifier un variant clé au sein de la région génétique appelée OAS1/2/3. On suspectait déjà ce gène, dans les précédentes études, d’être lié à une meilleure protection contre le covid, mais cela manquait de précision : c’est un gène qui connaît de nombreux variants. Il fallait aller plus loin que cette simple région génétique.

Or, les auteurs de cette étude ont comparé les résultats obtenus dans les groupes d’ascendance génétique africaine avec les résultats précédemment obtenus dans les groupes d’ascendance génétique européenne. Les deux populations partagent un même variant génétique de OAS1/2/3, appelé rs10774671G. Et c’est ce variant qui confère la protection immunitaire auparavant découverte. « Le fait que les personnes d’ascendance africaine bénéficient de la même protection nous a permis d’identifier le variant spécifique de l’ADN qui protège réellement de l’infection par le Covid-19 », expliquent les auteurs.

Comment ont-ils abouti à cette conclusion ? Les populations d’ascendance africaine n’ont pas de traces d’un héritage génétique néandertalien, là où on retrouve cet héritage fréquemment en Europe. Car lorsque des humains modernes ont quitté l’Afrique pour migrer en Europe, ils s’y sont parfois accouplés avec Néandertal, d’où cette différence dans l’histoire génétique. Or, le gène OAS1/2/3, identifié dans les populations européennes comme clé contre le covid, était pourvu de nombreuses allèles issues de l’héritage néandertalien. Identifier une protection similaire dans les deux populations a permis à ces chercheurs de conclure que l’allèle responsable de cette protection provient de ce que les deux populations ont en commun dans ce gène, c’est-à-dire un allèle plus ancien que les croisements avec Néandertal, provenant d’un ancêtre commun. Ainsi, rs10774671-G a été identifié par élimination.

Vers de nouveaux traitements contre le covid

Prochaine étape : comprendre ce qu’exprime précisément ce variant génétique. Les chercheurs ont déjà des pistes. Il semblerait, d’après cette étude, que rs10774671-G détermine la longueur de la protéine codée par le gène OAS1 (une protéine déjà démontrée comme ayant un impact contre l’infection). Or, on sait que les variantes les plus longues de cette protéine sont les plus efficaces pour contrecarrer le coronavirus SARS-CoV-2.

Cette avancée majeure n’est qu’un début, mais est tout à fait déterminante. Ces découvertes n’aident pas seulement à comprendre ce nouveau virus : elles peuvent aider la médecine à le combattre, en particulier contre les formes graves qui conduisent à l’hospitalisation et au décès. Bien que le vaccin soit efficace contre ces versions sévères, des traitements spécifiques pourraient aider. « Le fait que nous commencions à comprendre en détail les facteurs de risque génétiques est essentiel pour développer de nouveaux médicaments contre le Covid-19 », précise le coauteur de l’étude, Brent Richards.