La lignée BA.2 concerne plus de la moitié des nouvelles contaminations au Danemark en ce début 2022. Mais il est difficile de savoir si ce sous-variant Omicron est plus contagieux, ni quel impact il aura sur la pandémie. Les données ne suggèrent pas un effet particulièrement inquiétant à ce stade.

Le variant Omicron, plus contagieux, est en passe de supplanter le variant Delta. Fin janvier 2022, Omicron atteignait 97 % des contaminations ne serait-ce qu’en France. Tandis que des scientifiques estiment que ce variant pourrait entraîner la fin de la période la plus dangereuse de la pandémie, d’autres rappellent que d’autres variants risquent encore d’apparaître.

Mais voilà qu’émerge dans l’actualité l’annonce d’un « nouveau variant Omicron », intitulé « Omicron BA.2 ». Il s’agit surtout d’un sous-variant, ou plutôt d’une lignée. Il existe trois lignées connues du variant Omicron : BA.1, BA.2 and BA.3. Ces lignées ont beaucoup en commun, mais le nombre et le caractère des mutations peuvent varier. Tandis que la lignée BA.1 est celle qui cause la vague épidémique depuis décembre 2021, celle intitulée BA.2 pose de nouvelles questions — qui, toutefois, n’inquiètent pas plus que cela la plupart des scientifiques.

C’est quoi, un « sous-variant » ?

L’apparition de BA.2 en tant que sous-variant (subvariant) n’est pas une surprise dans l’histoire virologue du coronavirus SARS-CoV-2. Comme le rappelle le biologiste François Balloux (UCL Genetics Institute), sur le site du Science Media Center, les virus évoluent rapidement et chaque souche acquiert ses propres mutations au fil des mois.

« L’accumulation de mutations entraîne une diversification constante de la population virale en circulation », rappelle le biologiste. Ainsi, il y a aujourd’hui trois sous-lignées à Omicron (BA.1, BA.2 et BA.3), mais « d’autres sous-lignées Omicron seront sans doute décrites à l’avenir ». Le variant Delta comprenait « plus de 200 sous-lignées avant d’être remplacé par Omicron ».

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Les lignées BA.1 et BA.2 du variant Omicron cohabitent. // Source : Numerama

Où est présent Omicron BA.2 dans le monde ?

Au Danemark, cette souche spécifique d’Omicron a dernièrement atteint plus de la moitié des contaminations. En à peine quelques semaines, le sous-variant BA.2 est passé de 20 % des cas à 45 % des cas, tandis que la souche BA.1 (dominante en règle générale) baissait en intensité. Cela laisse entendre que la souche BA.2 pourrait être prochainement dominante dans le pays.

Le sous-variant a été détecté dans 29 pays, dont la France, sans pour l’instant faire preuve de la même dynamique de contamination qu’au Danemark. Le Royaume-Uni l’a classé comme « variant sous surveillance » avec plus de 400 cas confirmés du variant BA.2.

« Dans l’ensemble, la lignée originelle Omicron, BA.1, est dominante au Royaume-Uni et la proportion de cas de BA.2 est actuellement faible. La désignation a été faite sur la base du nombre croissant de séquences BA.2 identifiées tant au niveau national qu’international », explique le ministère britannique de la santé. Effectivement, seuls quelques pays relèvent pour l’instant un nombre de cas supérieurs à 100 : en plus du Royaume-Uni (426), et du Danemark (6 411), il y a l’Inde (530), la Suède (181) et Singapour (127).

Quelles différences entre Omicron BA.1 et Omicron BA.2 ?

« L’importance des modifications apportées au génome viral reste incertaine et des analyses complémentaires vont être entreprises », précisait le ministère britannique de la Santé, tout en ajoutant que de premières analyses suggèrent « un taux de croissance accru » par rapport à la souche classique BA.1. Mais le taux de certitude sur cet accroissement de la contagiosité reste faible à ce stade.

Du côté de l’institut de santé danois, le Statens Serum Institut, les scientifiques expliquent que BA.1 et BA.2 présentent de « nombreuses différences » dans des domaines génétiques importants. « En fait, la différence entre BA.1 et BA.2 est plus grande que la différence entre le variant originel et le variant Alpha », précise l’institut. « Ces différences peuvent conduire à des propriétés différentes, par exemple en ce qui concerne l’infectiosité, l’efficacité du vaccin ou la sévérité. » Mais ce ne sont là que des suppositions en l’absence de données plus précises.

Il ne faut donc rien surinterpréter. Les lignées BA.1 et BA.2 restent très proches, puisqu’il s’agit du même variant. BA.2 comporte bel et bien des mutations plus nombreuses et quelque peu différentes — il y a environ 20 mutations différenciées — mais cela ne suffit pas.

« Rien ne prouve jusqu’à présent que BA.1 et BA.2 sont différentes en ce qui concerne l’échappement immunitaire, la virulence ou le profil d’âge qu’elles infectent préférentiellement. À ce stade, BA.1 et BA.2 peuvent être considérées comme deux sous-lignées d’Omicron largement équivalentes sur le plan épidémiologique », estime François Balloux dans le Science Media Center.

Quel impact de BA.2 sur les hospitalisations et les vaccins ?

Si la contagiosité du variant Omicron BA.2 n’est pas encore très claire, l’analyse initiale menée par le Statens Serum Institut (au Danemark, donc là où il y a le plus de cas) « ne montre aucune différence dans les hospitalisations ». Quant à l’impact sur les vaccins et sur l’immunité conférée après les autres variants, il est encore difficile de le dire : il faut cultiver BA.2 pour étudier, entre autres, son effet sur les anticorps.

Mais l’institut se veut rassurant sur l’utilité principale des vaccins, consistant à sauver des vies et à réduire la pression hospitalière : « On s’attend à ce que les vaccins aient également un effet contre les maladies graves en cas d’infection par BA.2. » Une analyse prédictive du Bloom Lab, qui doit être confirmée par des données expérimentales, suggère une antigénicité similaire des deux lignées, ce qui serait une bonne nouvelle.

« Seule une minorité des ~20 mutations qui distinguent BA.1 de BA.2 se situent dans des régions du génome importantes pour la reconnaissance immunitaire par les anticorps. De fait, on peut anticiper que l’infection par l’une ou l’autre sous-lignée devrait fournir une immunité robuste contre l’autre, ainsi que contre elle-même », estime le biologiste François Balloux.

« Je suis également d’accord avec le fait qu’il est probable qu’il y ait des différences minimes dans l’efficacité du vaccin contre le BA.1 et le BA.2 et qu’il est également très probable que l’infection par le BA.1 donne une réactivité croisée décente contre l’infection par le BA.2 », écrit sur Twitter le virologue Tom Peacock, à partir de l’analyse (non-expérimentale et donc là aussi prédictive) des mutations.

Une nouvelle vague Omicron à cause de BA.2 ? Peu probable

La vague épidémique due au variant Omicron BA.1 pourrait atteindre prochainement son pic, en France et dans d’autres pays. Faut-il s’inquiéter que la lignée BA.2 provoque quasi immédiatement une deuxième vague aussi intense ? Pour un virologue comme Tom Peacock, les différences entre les deux lignées sont trop faibles pour en déduire un tel scénario.

« Je serais très surpris que BA.2 provoque une deuxième vague [due à Omicron] à ce stade. Même avec une transmissibilité légèrement plus élevée, il ne s’agit absolument pas d’un changement Delta -> Omicron, mais plutôt d’un changement plus lent et plus subtil », explique Tom Peacock, qui alerte toutefois sur le risque potentiel que la lignée BA.2 accroisse éventuellement l’intensité de la vague actuelle, en repoussant la décrue.