La FDA américaine met en garde sur une sensibilité réduite des tests antigéniques face au variant Omicron. Ce n’est pas un détail en pleine 5e vague.

Le variant Omicron présente un certain nombre de mutations. Il apparaît de plus en plus certain qu’elles rendent cette souche plus contagieuse — bien que des données doivent être consolidées pour comprendre l’impact exact sur la transmission du coronavirus.

Ces mutations ont également un impact sur la détection de l’infection. Si les tests RT-PCR, réalisés en laboratoire, permettent d’identifier un cas positif avec un haut niveau de certitude ainsi que le variant concerné, il existe d’autres méthodes, qui sont utiles, mais moins fiables en fonction de la situation.

Les tests antigéniques (réalisés par un professionnel en pharmacie ou bien soi-même) permettent d’obtenir un résultat rapide en 15 minutes. Alors que les autotests sont dorénavant accessibles dans les grandes surfaces françaises, un rapport publié le 28 décembre 2021 par la FDA, administration américaine de santé, interpelle : « Les premières données suggèrent que les tests antigéniques permettent de détecter le variant Omicron, mais que leur sensibilité peut être réduite. »

Que faut-il en comprendre ?

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Un test antigénique fonctionne grâce aux réactifs contenus dans une cassette de ce type. // Source : Pexels

Un risque de faux négatif accru

La sensibilité correspond à la capacité du test à remettre le véritable résultat. Plus la sensibilité est élevée, moins le risque d’un faux négatif est élevé. Un faux négatif signifie que le test affiche un résultat négatif (absence d’infection) alors que la personne testée est en réalité positive (infection au covid).

Une réduction de la sensibilité des tests antigéniques signifierait alors que ces tests, réalisés en pharmacie ou en autotests, pourraient générer des faux négatifs en de plus grandes proportions.

Les tests antigéniques sont de toute façon moins sensibles que les tests PCR, quelle que soit la souche. La sensibilité d’un test antigénique est encore moins élevée chez les personnes asymptomatiques.

En parallèle, une réduction en sensibilité n’a pas tellement d’impact sur la qualité d’un résultat positif : il y a peu de risques d’un faux positif (c’est-à-dire qu’un résultat marqué positif ne le soit finalement pas).

Comment expliquer une possible réduction de la sensibilité ?

Les données évoquées par la FDA pour Omicron sont « préliminaires », elles ne sont donc pas consolidées et il n’y a pas d’étude que nous pouvons consulter. On ne sait en quelles proportions exactes la sensibilité est réduite, ni même quelles causes ont été identifiées dans ces travaux ; et cela dépend probablement aussi du fabricant.

Toutefois, le potentiel de réduction en sensibilité peut se comprendre assez aisément à partir du fonctionnement même des tests antigéniques et de leurs différences avec les PCR. « Dans la technique PCR, on va au plus profond du virus : on va chercher son matériel génétique, c’est-à-dire son ARN. Dans les tests antigéniques, en revanche, on va chercher les protéines de structure du virus, en surface », expliquait dans nos colonnes, en mars 2020, Michel Guyon, directeur de la distribution au sein de la branche diagnostique de l’entreprise pharmaceutique Roche.

Or, les mutations à l’origine du variant Omicron correspondent justement à des modifications dans la protéine de surface du coronavirus dite « protéine Spike » (et les mutations sont plutôt concentrées dans la région de la protéine qui interagit avec les cellules humaines).

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La protéine Spike du coronavirus contient un grand nombre de mutations (illustrées ici par les points rouges). // Source : Nino Barbey pour Numerama

En clair, certains éléments clé du virus qui servent à détection antigénique ayant évolué, les réactifs peuvent être moins aptes à relever la présence du virus. La mutation n’est évidemment pas totale, loin de là (il s’agit d’une nouvelle souche, non d’un nouveau virus), la détection est donc encore possible… mais la sensibilité est susceptible d’être moins grande. Du moins, tant que les tests antigéniques commercialisés n’ont pas été mis à jour.

Quels réflexes adopter contre les faux négatifs ?

Le rapport de la FDA est préliminaire et il faut espérer des données accessibles et précises prochainement — comme pour le variant Omicron d’ailleurs, sur lequel il demeure des incertitudes. Toutefois, pour votre sécurité et celle collective, il serait bon d’avoir ce contexte en tête en adoptant certains réflexes.

Depuis l’arrivée des tests antigéniques, la recommandation est de faire confirmer un résultat positif par un test RT-PCR. Mais dorénavant, face à Omicron, il vous faut surtout vous fier aux symptômes : un test antigénique négatif mais des symptômes proches du covid est une situation qui doit vous pousser à faire un test PCR.

Certains médecins estiment même à l’heure actuelle qu’en cas de symptôme, il vaut mieux ne pas passer du tout par un antigénique, mais directement par un PCR. Rappelons que le variant Omicron semble générer un état symptomatique qui démarre comme un rhume (nez qui coule, mal de gorge…).

De même, si vous êtes cas contact, privilégiez le PCR… même sans symptômes. Une plus faible sensibilité des tests antigéniques rend la détection encore plus difficile chez les personnes asymptomatiques (pour le dire vulgairement : le virus est moins visible pour les réactifs chez un asymptomatique, et, pour Omicron, leur vue a encore baissé).

Sur Twitter, le biologiste médical @SaiyanBio propose une stratégie de dépistage intéressante puisque davantage « raisonnée et scientifiquement cohérente ». Son tableau fléché résume les réflexes qu’il faudrait idéalement adopter :

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Proposition de stratégie de dépistage covid. // Source : @SaiyanBio

Cette proposition semble cohérente avec les connaissances scientifiques actuelles sur l’efficacité des différents tests.