La première image du variant Omicron du coronavirus montre les différences avec le variant Delta en nombre de mutations. Voici comment comprendre ce schéma.

La détection du variant Omicron fin novembre 2021 fait craindre un rebond épidémique dans la crise sanitaire du covid. Toutefois, à l’heure actuelle, il reste encore trop tôt pour tirer des conclusions sur les risques posés par ce variant : il manque encore des études approfondies.

Il y a toutefois de premières données : l’hôpital italien Bambino Gesu, situé à Rome, a produit la première « image » du variant. Cette image, publiée le 27 novembre 2021, est une modélisation 3D par ordinateur, produite à partir du séquençage du variant. Voici ce que cela nous apprend, et ce qu’il reste encore à comprendre.

Quelles différences avec le variant Delta ?

L’image produite par les scientifiques italiens de Bambino Gesu montre plus précisément la structure tridimensionnelle de la protéine Spike du coronavirus SARS-CoV-2. Cette protéine est déterminante : c’est par elle que le virus s’accroche à nos cellules pour les infecter. La configuration de la protéine Spike a donc des implications sur la contagiosité du virus.

Cette modélisation permet de constater les différences entre le variant Delta (à gauche) et le variant Omicron (à droite) dans les mutations de la protéine Spike :

Cette modélisation montre l'ampleur des mutations, chez le variant Delta et le variant Omicron // Source : Hôpital Bambino Gesu

Cette modélisation montre l'ampleur des mutations, chez le variant Delta et le variant Omicron

Source : Hôpital Bambino Gesu

Cette comparaison permet de constater que le variant Omicron connaît bien davantage de mutations que le variant Delta, qui était jusqu’alors le principal « variant préoccupant ».

Plus les points sont « chauds », plus la mutation présente une grande variabilité par rapport à la souche précédente (rouge : très forte variabilité bleu : très faible variabilité).

Par ailleurs, ces mutations semblent particulièrement concentrées en une même région protéinique, une région qui interagit avec les cellules humaines.

Des mutations sont-elles forcément le signe de plus de dangerosité ?

Le grand nombre de variations est effectivement préoccupant, car cela signifie que le virus a beaucoup muté pour s’adapter. Toutefois, et la nuance est de taille, le nombre de mutation et l’importance des variations n’implique pas forcément une plus grande contagiosité ou une plus grande dangerosité. L’image constitue donc une première donnée scientifique sur le variant Omicron, mais pas sur ses implications.

Il est utile de cartographier les mutations, mais il s’agit maintenant de définir le rôle de celles-ci : en clair, cette image n’apporte pas d’information sur ce que va changer ce variant dans la crise sanitaire. « D’autres études nous diront si cette adaptation est neutre, moins dangereuse ou plus dangereuse », ont rappelé les chercheurs à l’origine de cette modélisation.

Une adaptation neutre serait une bonne nouvelle, car l’impact sur la pandémie serait assez faible. Une adaptation moins dangereuse serait, évidemment, une encore meilleure nouvelle : le virus pourrait, ce faisant, se saborder lui-même avec une mutation l’affaiblissant. Si les mutations créent un variant plus dangereux, en revanche, il faudrait que les laboratoires agissent très vite pour adapter les vaccins.

C’est là qu’une telle modélisation est importante : les vaccins visent la protéine Spike. Les deux laboratoires dont les vaccins sont les plus utilisés à ce jour, Pfizer et Moderna, ont déjà indiqué se tenir prêts à faire évoluer la formule si des études confirment que la nouvelle mouture de la protéine Spike, dans le variant Omicron, est plus virulente.