Le coronavirus peut maintenant être cultivé en laboratoire. Son génome a aussi été séquencé à plusieurs endroits dans le monde. Qu'est-ce que cela signifie pour la gestion de cette crise épidémiologique ? On fait le point.

L’épidémie du coronavirus 2019-nCov affiche ce vendredi 31 janvier 2020 un bilan de 9 700 personnes infectées, 213 décès et 187 guérisons. L’Organisation mondiale de la santé vient également de qualifier l’épidémie « d’urgence de santé publique de portée internationale ». En France, six personnes sont soignées à l’isolement car atteintes par le coronavirus. Pour l’instant, même si la gravité de la situation n’est pas aussi élevée que l’atmosphère le laisse paraître, le fait que 2019-nCov soit un nouveau coronavirus pose un problème : nous n’avons pas de traitement ou de vaccin. Mais la recherche avance et elle avance bien.

Les derniers jours ont été riches en avancées importantes. Parmi elles : cette semaine, un laboratoire australien a été le premier à révéler officiellement avoir « cultivé » le virus en laboratoire. Pour Tania Louis, virologue et vulgarisatrice scientifique, il s’agit d’une « étape-clé » qui relève d’une « prouesse technique ». Mais elle avertit d’emblée : il ne faut pas confondre la culture d’un virus avec sa synthèse. Pourquoi cette précision ?

Pourquoi cette précision ? «  Ils ont isolé la souche du virus, prise chez un patient, pour maintenir ce virus en laboratoire et l’étudier, détaille la virologue. Un coronavirus de ce type a un génome très gros, il ne peut clairement pas être facilement ‘fabriqué’ dans n’importe quel laboratoire. Le labo australien va envoyer des échantillons à d’autres labos ». L’envoi des échantillons est quant à lui ultra-sécurisé, contenu dans de la neige carbonique : aucune contamination n’est possible et, si la glace venait à fondre, le virus mourrait. La culture du virus se fait quant à elle dans des laboratoires « à haut niveau de confinement ». C’est sans danger. Des précisions qui ont leur importance dans un contexte d’inquiétude face à la propagation du coronavirus et à l’émergence de théories du complot.

Carte de la propagation du coronavirus le 31 janvier 2020 à 12h20. // Source : Johns-Hopkins University

Pourquoi la culture du virus en laboratoire est-elle importante ?

Le laboratoire australien n’est pas seul dans cette démarche : l’Institut Pasteur, en France, avance lui aussi très bien sur l’isolement de la souche. La culture d’un virus en laboratoire consiste à reproduire le processus d’infection mais à plus petite échelle : on ajoute le virus à des cellules vivantes, en milieu nutritif, afin que le virus en question infecte ces cellules en se multipliant. « On reproduit, en partie, ce qu’il se passe dans la vraie vie lors du processus d’infection. C’est un outil précieux de recherche fondamentale », nous explique Tania Louis. La reproduction de l’infection n’est que partielle car ce type de maladie est systémique, elle peut s’exprimer dans plusieurs endroits du corps, ce qui ne peut pas être observé sur des cellules dans un petite boite.

De nombreuses expérimentations utiles sont maintenant possibles

Pour autant, si elle n’est pas sans manque, la culture du coronavirus en laboratoire fait grandement avancer notre compréhension de la maladie. «  Quand on a des cellules infectées par un virus en laboratoire, on peut faire de nombreuses expérimentations, comme ajouter des produits chimiques et voir lesquels peuvent détruire le virus. Ce sont des petits volumes, que l’on peut contrôler et regarder au microscope », précise Tania Louis. La virologue nous indique les laboratoires vont utiliser cette culture du virus pour tester des « molécules à potentiel effet antiviral » et essayer « d’obtenir des anticorps, qui servent dans le diagnostic ».

Quand peut-on espérer un vaccin contre le coronavirus ?

Face à l’épidémie de 2019-nCov, la grande question que tout le monde se pose est celle du développement d’un vaccin. Tania Louis nous confirme que cultiver un virus en laboratoire est une étape importante vers cet aboutissement, mais aussi que cela ne présage en rien de quand est-ce qu’il sera trouvé. Pour le SRAS, le vaccin n’a été établi que quelques temps après le pic dans l’épidémie ; pour le VIH, il n’y a aucun vaccin. La culture du virus ne concerne également qu’une seule souche du coronavirus, or il peut y avoir des mutations du génome.

L’arrivée d’un nouveau coronavirus, qui n’avait jamais été identifié auparavant, pose évidemment de nombreux obstacles pour en contenir l’épidémie. Mais, actuellement, il y a des raisons d’être optimistes. « On a déjà connu deux grosses épidémies à coronavirus ces vingt dernières années, il y avait donc des recherches en cours sur ce sujet. Même si les virus sont différents, ils sont de la même famille, cela va peut-être nous faire gagner du temps », relève Tania Louis.

Pour l’Institut Pasteur, un vaccin pourrait être disponible d’ici 20 mois, mais ce n’est pas important à court terme

Il est peu probable qu’un vaccin soit trouvé à temps pour l’épidémie elle-même. Dans une conférence de presse, l’Institut Pasteur indique que la recherche d’un vaccin est d’ores et déjà en cours, et qu’il pourrait être conçu d’ici 20 mois. À court terme, ce n’est pas un vaccin qui va aider à contenir l’épidémie. Les laboratoires cherchent donc à trouver des éléments qui amélioreront à la fois le traitement des patients infectés et le diagnostic, mais aussi qui freineront la propagation de la maladie dans le monde. Établir « le temps de survie du coronavirus en milieu extérieur » est, comme le précise Tania Louis, l’une des possibilités apportées par sa culture en laboratoire pour améliorer les mesures de prévention.

Mieux comprendre le coronavirus est fondamental

Comme la culture du virus en laboratoire, le séquençage du génome du coronavirus est possible et c’est tout aussi fondamental. Le 30 janvier, l’Institut Pasteur est devenu le premier laboratoire européen a avoir séquencé le génome. Un séquençage complet de l’ADN offre une meilleure visibilité sur le fonctionnement du coronavirus et, comme indiqué lors de la conférence de presse, disposer du code génétique du virus ainsi que de sa souche « permet de développer un test de sérologie et d’évaluer la présence d’anticorps chez les patients, de mieux comprendre la pathogenèse du virus et de développer des antiviraux et des approches vaccinales ».

L’Institut Pasteur a réagit en un temps record

La culture du virus en laboratoire ainsi que son séquençage, voilà deux éléments qui ont le mérite d’être encourageants quant aux avancées scientifiques sur ce nouveau coronavirus. Même si les applications en soin ne seront pas forcément immédiates, « quand on doit se défendre contre quelque chose, c’est toujours mieux de le comprendre efficacement », relève Tania Louis. La coopération internationale joue également un rôle de premier plan, raison pour laquelle le laboratoire australien va envoyer des échantillons à travers le monde. « On avance plus vite si plusieurs équipes travaillent dessus simultanément », explique la virologue.

En définitive, ce qu’il faut aussi retenir de ce que nous a dit Tania Louis ou de ce qui ressort des conférences de presse données par les laboratoires, c’est qu’il est presque contreproductif de chercher des affirmations sur la situation actuelle. D’un point de vue scientifique, les spéculations sur la gravité du virus et sa prise en charge ne reposent pour l’instant sur pas grand chose : il s’agit d’un processus. Et, facteur rassurant, ce processus suit très bien son cours. L’Institut Pasteur s’est mobilisé sur le problème en un temps record et l’isolement de la souche a été «  extrêmement rapide ».

Tania Louis a réalisé une vidéo synthétique de vulgarisation scientifique dans laquelle elle répond à de nombreuses questions que tout le monde se pose. Nous vous invitons à aller la consulter sur sa chaîne Youtube. Nous vous conseillons également de rester vigilants envers les théories du complot et fausses informations, que nous rassemblons dans un article dédié. Pour suivre l’évolution de l’épidémie, une carte en temps réel affiche en permanence les données disponibles. Enfin, contenir l’épidémie consiste aussi à suivre soi-même quelques actes de prévention.

Crédit photo de la une : Numerama / Claire Braikeh

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