Covid : que sait-on du variant XD ?

Plusieurs variants se sont succédé depuis les débuts de la pandémie. Récemment, le variant Omicron, le plus contagieux d’entre tous, a pris la place du variant Delta (qui n’est quasiment plus identifié en France). Dorénavant, c’est le sous-lignage Omicron BA.2 qui prend peu à peu le dessus.

Depuis février 2022, un autre variant est sous surveillance : un « recombinant Delta/Omicron ». Jusqu’ici connu sous le nom de Deltacron, il s’appelle dorénavant XD. Qu’est-ce qu’un recombinant ? Que sait-on de celui-ci ?

Un hybride entre Delta et Omicron

Un recombinant est un mélange génétique entre deux souches différentes, formant une nouvelle souche. Le variant XD est le fruit d’une recombinaison entre Delta et Omciron : le génome correspond surtout au variant Delta (dans son sous-lignage AY.4), mais le gène S, très important dans le coronavirus (il code la protéine Spike qui sert à pénétrer nos cellules) est celui du variant Omicron (dans sous-lignage BA.1).

Un recombinant provient en général d’une co-infection, c’est-à-dire lorsqu’une même personne est infectée simultanément par deux souches différentes du SARS-CoV-2. Au sein des cellules infectées par ces deux souches virales, se déroulent ds échanges de matériel génétique. C’est ainsi que naît un virus au génome mosaïque, qui hérite des deux souches.

XD / Deltacron a-t-il des caractéristiques préoccupantes ?

Bien que ce soit un phénomène identifié comme courant pour le SARS-CoV-2, cela ne donne en général pas lieu à des variants préoccupants, car les recombinants héritent des variants parents, il n’y a donc pas vraiment de nouveauté dans la dynamique épidémiologique du virus. Malgré tout, ces variants font l’objet d’une surveillance attentive, car un hasard génétique pourrait bien donner lieu à un variant au comportement différent. Pour l’instant, on en sait assez peu sur les caractéristiques particulières de XD. Dans le cas de XD, c’est la forte présence génétique du Delta qui pourrait potentiellement inquiéter, mais la souche ne semble pas s’imposer.

Fin 2021, la vague Omicron a été très soudaine et s’est superposée à la vague Delta déjà très présente dans le monde. C’est cette co-circulation qui a donné naissance à Deltacron, aujourd’hui labellisé XD. Ce label lettré provient du lignage génétique — un ensemble de lettres et parfois de chiffres (comme BA.1 et BA.2 pour des souches d’Omicron…).

Ce n’est pas le seul recombinant, mais c’est celui dont il y a le plus de cas actuellement dans cette catégorie. D’après les données disponibles, ce recombinant circulerait depuis début janvier 2022.

La progression de XD en France

Au 21 mars 2022, d’après la dernière enquête de Santé Publique France, il y a 41 séquences du variant XD détectées en France. « Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions et remontant à début janvier 2022, ce qui suggère une circulation à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines », précise Santé Publique France. On compte par exemple un seul cas en Bretagne.

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