Alors que le déconfinement s'étend toujours un peu plus, une augmentation du taux de reproduction du coronavirus était en partie inévitable. Mais cela appuie également sur la nécessité de continuer à rester vigilant : le coronavirus n'a pas arrêté de circuler.

L’épidémie est sous contrôle en France, mais le coronavirus n’a pas disparu pour autant. L’indicateur de son taux de reproduction, qui vient d’évoluer légèrement, en est la preuve. Vendredi 19 juin 2020, Santé publique France a annoncé que ce taux a sensiblement augmenté dans plusieurs régions : Auvergne-Rhône-Alpes, Occitanie, Martinique, Normandie, Guyane. En Normandie, le taux est passé à 1,6, alors que le seuil d’alerte est de 1,5. Comment expliquer ce « regain » ? À cela correspond-il ?

Le taux de reproduction, appelé R0, est une notion épidémiologique visant à déterminer le nombre moyen d’infections que peut provoquer un seul cas individuel. Si le R0 est de 2, par exemple, cela signifie qu’une personne peut contaminer, en moyenne, deux autres personnes. Calculer le R0 permet d’évaluer la contagiosité d’une épidémie à un moment T, comme de projeter un schéma de propagation — plus le chiffre est élevé, plus l’épidémie peut augmenter de manière exponentielle. Ce taux est constamment réévalué, puisqu’il est susceptible de changer, principalement en fonction des mesures visant à la limiter la propagation de l’épidémie.

Depuis que le confinement est terminé, les contacts humains ont repris et il est donc essentiel de respecter un maximum de gestes barrière. // Source : Pexels

Un virus devient inoffensif quand son R0 atteint zéro. Mais une bonne maîtrise d’un virus — vaccin et/ou médicaments ciblés — permet d’éviter qu’un R0 soit à l’origine d’une tension épidémique grave même s’il dépasse 1. C’est ainsi que le R0 de la grippe saisonnière est de 1,3 et celui de la rougeole est de 18.

Une évolution en partie logique

En France, le taux de reproduction du coronavirus SARS-CoV-2 a déjà connu de grandes évolutions depuis les débuts de la pandémie. S’il était autour de 3 avant le confinement, il est ensuite passé à 1, puis à moins de 1. Cette baisse est logique compte-tenu des trois facteurs principaux conditionnant le R0 :

  • La période de contagiosité du coronavirus (approximativement 10-14 jours pour le SARS-CoV-2) ;
  • Le nombre de personnes avec qui l’on est potentiellement en contact ;
  • La capacité de transmission (les vecteurs par lesquels le pathogène peut se transmettre).

Le confinement, très efficace, a considérablement freiné les deux derniers facteurs, raison pour laquelle on est passé de plus de 3 à moins de 1. Au moment du déconfinement, le deuxième facteur a changé, puisque le nombre de personnes avec qui nous avons un à plusieurs contacts s’est à nouveau multiplié. Ce nouveau risque, inévitable, qui tend à faire remonter le taux de reproduction, peut largement être comblé par une vigilance accrue envers le troisième facteur que sont les vecteurs de transmission. La valeur de ce facteur dépend presque entièrement des « gestes barrière », à savoir la combinaison de la distanciation physique autant que possible, des masques dans les transports et autres espaces publics confinés, ainsi que le lavage régulier des mains au savon ou au gel hydroalcoolique.

Le calcul du taux de reproduction dépend aussi énormément du nombre de personnes actuellement détectées comme positives — plus il y a de personnes infectées, plus les contacts à risque sont larges. Un constat qui explique en grande partie le chiffre de 1,6 en Normandie, puisque l’augmentation «  s’explique par des opérations de dépistage massives au sein de cette région », rappelle Santé publique France, ainsi que « par la détection de plusieurs nouveaux cas groupés dans l’agglomération rouennaise, en cours de gestion ». Que cet indicateur passe au rouge ne signifie donc pas que les foyers ne sont pas sous contrôle.

Plusieurs indicateurs doivent être simultanément observés

À l’heure actuelle, en cette période post-confinement, il était inévitable que le taux de reproduction reparte au moins légèrement à la hausse. Mais son évolution dépend ensuite essentiellement du maintien et du respect des mesures collectives d’hygiène. L’essentiel reste que le taux de reproduction ne dépasse pas ou rarement les 1,5, car l’enjeu est d’empêcher un taux de 2 à partir duquel un schéma de propagation exponentielle pourrait se mettre en place.

Il est tout aussi important de garder en tête que le taux de reproduction du coronavirus n’est pas le seul indicateur pour évaluer sa virulence à un moment T, il y a aussi le taux d’incidence ou la tension hospitalière. En Normandie, par exemple, au 19 juin 2020, seul l’indicateur R0 était en rouge.

En Normandie, au 19 juin 2020, l’indicateur du taux de reproduction est au-dessus du seuil de vigilance, fixé à 1,5. // Source : ARS Normandie

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