Le chien viverrin était présent en nombre au marché de Wuhan lorsque le coronavirus SARS-CoV-2 a émergé, et des prélèvements sont positifs au covid. Cela apporte de nouvelles données pour l’hypothèse d’une zoonose, sans toutefois permettre la moindre conclusion certaine et définitive. L’enquête sur l’origine de la pandémie est difficile.

L’origine du coronavirus SARS-CoV-2 semble être, depuis le début, une zoonose : le phénomène par lequel un agent infectieux saute d’un animal vers l’être humain (ou inversement), via une mutation. C’est l’hypothèse la plus « probable », compte tenu de la mécanique historique des épidémies, des risques posés par l’exploitation des animaux sauvages, et de la forme de ce virus. S’y ajoute toutefois la théorie d’une fuite de laboratoire, récemment réactivée par un désaccord entre agences de renseignements américaines sur la question.

Que ce soit la première ou la seconde hypothèse, le problème reste un manque de preuve — aucune ne peut être pleinement prouvée, aucune ne peut être entièrement exclue. En ce qui concerne la zoonose, le virus pourrait provenir d’un premier réservoir, les chauves-souris (chez lesquelles circulent effectivement des coronavirus très proches du SARS-CoV-2), et la mutation elle-même être originaire d’un hôte intermédiaire. Le pangolin ou le vison ont été évoqués en 2020, mais ils ne seraient finalement pas impliqués dans l’équation. C’est d’ailleurs ce « vide », entre l’hôte initial et l’humain, qui laisse l’autre hypothèse d’un accident de laboratoire en suspens.

Le confinement est levé depuis le 8 avril à Wuhan, probable foyer de la pandémie. // Source : Pixabay
La ville de Wuhan, dont le marché, où l’on trouvait des animaux sauvages à la vente, est considéré comme la source la plus probable de la pandémie. // Source : Pixabay

En janvier 2020, de nombreux prélèvements ont eu lieu au marché de Wuhan — sols, murs, cages, étales. Ils contiennent des séquences métagénomiques de l’environnement du marché. Ce sont les traces génétiques des animaux présents. Début 2023, ces données ont « enfin » été intégrées à GISAID, la base de données internationale, ouverte, de référence, sur les séquences virales. C’est de là qu’est issu un nouveau papier, diffusé en preprint le 20 mars 2023 (le format preprint signifie que l’étude n’est pas publiée dans une revue scientifique et n’a donc pas été relue et validée par un comité indépendant). Les chercheurs se sont penchés sur les échantillons positifs au coronavirus SARS-CoV-2.

Ces travaux mettent en avant la présence importante du chien viverrin (racoon dog), une espèce proche du raton laveur ou encore du renard, dont plusieurs échantillons positifs au covid. Cela signifie que le matériel génétique du covid et le matériel génétique de ces chiens viverrins s’est mélangé à un moment donné… mais pas obligatoirement que ces derniers étaient infectés au covid.

Cela fait du chien viverrin un nouveau candidat dans l’émergence de la pandémie, mais un candidat seulement. Comme l’indique ce preprint, les chiens viverrins « sont sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2 » et « excrètent suffisamment de virus pour le transmettre à d’autres espèces ».

Il n’y a toujours aucune conclusion sur l’origine du covid

Ces résultats renforcent des pistes, mais il faut se garder d’en tirer des conclusions hâtives ou définitives :

  • Ces éléments renforcent l’hypothèse d’une infection zootique puisque des données attestent concrètement de cette possibilité ;
  • La thèse de la zoonose dispose de bien plus de données en sa faveur que la thèse de la fuite de laboratoire ;
  • Ces nouveaux travaux ne signifient pas forcément que le chien viverrin est le réservoir principal — ils pourraient être un hôte intermédiaire ;
  • Ils ne prouvent en aucun cas, les données étant encore bien trop légères, que le chien viverrin est impliqué dans ce processus d’infection.

En clair, ces nouveaux travaux ne clôturent pas l’enquête et n’apportent pas une réponse au point d’origine de la pandémie — comme le rappellent plusieurs scientifiques dans Nature. Mais ils ajoutent de nouvelles données pour s’en approcher, ce qui n’est pas un détail, l’enquête étant notamment limitée tant par le faible accès qu’a accordé la Chine aux investigateurs dépêchés par l’Organisation mondiale de la Santé.

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