Le Yaravirus a 90 % de son génome qui relève de gènes encore non identifiés. Il « étend notre connaissance de la diversité des ADN de virus » selon ses découvreurs.

Les formes de la vie sur notre planète n’ont pas fini de nous surprendre. En décembre 2019, une étude montrait qu’un simple organisme unicellulaire est capable de s’adapter en prenant des formes de décisions. Du côté de la virologie, il y a aussi de la place pour des surprises. Au Brésil, des chercheurs ont découvert un virus dont le génome n’avait jamais été catalogué auparavant — c’en est un nouveau type, jusqu’ici non-identifié. Dans un article de prépublication, sur BioRXiv, ils décrivent ce virus qu’ils ont nommé « Yaravirus ».

Ce nom est inspiré par la déesse Yara, figure mythologique au Brésil, reine de l’Amazone et « mères de toutes les eaux ». La raison ? Les scientifiques l’ont découvert dans l’eau, dans un lac artificiel de la ville Belo Horizonte. Mais il n’y a absolument rien de mystique dans cette découverte : le Yaravirus est fascinant surtout pour sa forme biologique étonnante. Et rassurez-vous, tous les virus n’étant pas dangereux pour les humains, celui-ci est inoffensif.

Ce n’est d’ailleurs pas révolutionnaire en soi de découvrir un nouveau type de virus. Les biologistes à l’origine de cette trouvaille — les virologues Bernard La Scola et Jônatas Abrahã notamment — n’en sont pas à leur coup d’essai : en 2018, ils ont mis au jour le Tupanvirus, qui défiait nos connaissances scientifiques tant par sa grande taille que par sa complexité génétique, sa capacité à synthétiser énormément de protéines. Ce type de découvertes contribue à faire évoluer notre compréhension de ce que sont les virus, là où on les percevait autrefois comme une forme de vie assez monolithique et inerte.

Image au microscope du Yaravirus // Source : Boratto et consorts

Une lignée « déroutante » de virus d’amibe

Le Yaravirus représente selon les mots des chercheurs «  une nouvelle lignée de virus d’amibe dont l’origine et la phylogénie sont déroutantes ». La phylogénie fait référence aux liens de parenté et évolutions communes entre êtres vivants. C’est par ce biais que l’on sait que la plupart des virus d’amibe ont des propriétés communes, ce qui a permis jusqu’ici de les cataloguer en tant qu’une seule et  même famille, un « groupe d’évolution commune ».

Le Yaravirus fait office d’exception. Il n’obéit pas aux règles de cette famille alors qu’a prori il devrait pourtant y appartenir. « Contrairement à ce qui est observé dans les autres virus d’amibe qui ont été isolés, le Yaravirus n’est pas représenté par une large/grande particule et un génome complexe, mais porte en même temps un nombre important de gènes jusqu’ici jamais identifiés », notent les chercheurs. Plus précisément 90 % de son génome relève de « gènes orphelins », terme qui désigne des gènes dont la fonction précise nous est encore inconnue.

Ce virus est si différent de ce que l’on connaît que les chercheurs précisent qu’il n’est pas reconnu comme agent viral lorsqu’il est passé au crible des protocoles standards de détection virale. Ils ont comparé le génome du Yaravirus à 8 535 autres métagénomes, de divers habitats autour du globe, sans pour autant réussir à trouver le moindre lien avec un autre génome.

« Le Yaravirus étend notre connaissance de la diversité des ADN de virus », affirment les auteurs de la découverte dans leur papier. Pour l’instant, aucune réponse n’est possible, seulement des théories. Par exemple, il se pourrait que ce soit une forme de virus géant, comme le Tupanvirus, mais qui aurait évolué. Le Yaravirus constitue un groupe de virus d’amibe à part entière à lui seul, un cas d’étude tout nouveau pour les virologues et démontre que les virus sont un aspect du vivant dont il reste encore beaucoup de choses à découvrir.

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