Anthropic l’admet, « nous ne comprenons pas encore le rôle de ce système ». Mais son annonce, diffusée dans la soirée du 23 septembre 2026, fait déjà beaucoup réagir.
L’entreprise américaine explique que Claude, son système d’intelligence artificielle, vient de découvrir « un système enzymatique jusqu’alors inconnu, caché dans l’ADN des bactériophages. »
Bactériophages et ciseau génétique : de quoi parle-t-on ?
Les bactériophages sont décrits par l’Institut Pasteur comme des virus infectant les bactéries. Ils sont étudiés de longue date par la recherche pour soigner des infections bactériennes chez les humains. « Plus récemment ils sont devenus des outils en biotechnologie comme en témoigne le développement d’outils d’édition des génomes par la protéine Cas9 isolée d’un système CRISPR/Cas », détaille l’institut.
CRISPR fonctionne comme un « ciseau génétique », qui fait une entaille dans l’ADN, à l’aide d’une enzyme, Cas9. La découverte, consacrée par le prix Nobel de chimie en 2020, a révolutionné les techniques de découpe du génome, avec une approche moins complexe et plus facile à mettre en œuvre qu’auparavant. Porteuse de grands espoirs sur le plan de la thérapie génétique, la méthode s’est rapidement accompagnée de questionnements éthiques, notamment dans la très médiatisée affaire des « bébés CRISPR ».
Or, Anthropic établit un lien entre ce qui est présenté comme une découverte de Claude, et cette technique CRISPR. « À côté du gène codant pour cette enzyme se trouve une longue séquence d’ADN répétitive – une structure qui ressemble quelque peu au système CRISPR », explique Anthropic. « Seule une poignée de systèmes connus partagent ses caractéristiques, et tous sont capables de couper, copier et coller de l’ADN. Historiquement, la découverte de tels systèmes programmables a contribué à révolutionner la médecine. »
« Historiquement, la découverte de tels systèmes programmables a contribué à révolutionner la médecine. »
Anthropic
Pour rentrer dans le détail : Anthropic a baptisé ce système ART, pour « array-associated reverse transcriptases ». Il se compose de trois éléments : une transcriptase inverse (une enzyme qui copie l’ARN en ADN), un gène partenaire situé juste à côté, et une longue série de séquences d’ADN répétées à intervalles réguliers. L’enzyme elle-même n’est pas nouvelle, elle avait déjà été repérée par de précédentes études. Selon Anthropic, Claude est le premier à avoir remarqué ce qui l’entoure : la série de répétitions et une protéine partenaire dont on ignore la fonction.
La découverte présentée par Anthropic fait l’objet d’une étude. Il s’agit d’une prépublication : elle n’est pas parue dans une revue scientifique et n’a donc pas été relue ni validée par d’autres chercheurs (ce qu’on appelle l’évaluation par les pairs). Ses conclusions sont à prendre avec précaution. D’ailleurs, la Société Française de Génétique, contactée par Numerama, n’a pas souhaité se prononcer sur ces travaux, cet article particulièrement long (40 pages) n’ayant pas été évalué par des pairs.
Ce n’est pas la première fois qu’Anthropic met en avant une trouvaille de Claude avant toute validation extérieure. Fin juillet, l’entreprise affirmait déjà que son modèle de recherche Claude Mythos Preview avait découvert deux failles cryptographiques inédites.
21 heures, au lieu de mois de travail
Dans leur étude, les auteurs d’Anthropic soulignent que les bases de données contiennent « d’immenses quantités de matériel génétique inexploré », qui pourraient servir à inventer de nouveaux médicaments ou outils biotechnologiques. Mais les quantités de données sont telles que les humains ne peuvent pas tout lire. « Nous montrons que les grands modèles de langage (LLM), utilisés de manière autonome, peuvent pallier ce goulot d’étranglement et mettre en évidence de nouveaux systèmes moléculaires. »
C’est dans ce but qu’Anthropic a utilisé l’IA. Les chercheurs ont lancé environ 950 « agents » autonomes de Claude pour fouiller une base de près de 2 milliards de groupes de protéines, à la recherche de nouvelles transcriptases inverses, des enzymes qui copient l’ARN en ADN. Selon Anthropic, ce type d’analyse demande des semaines, voire des mois, à un scientifique expert. Claude l’a effectué en 21 heures.
« Ces résultats indiquent que les LLM peuvent détecter de manière autonome des anomalies et mener des analyses permettant de faire de nouvelles découvertes biologiques », peut-on lire dans l’étude.
Les chercheurs d’Anthropic ont écrit la consigne de départ, puis mené eux-mêmes les expériences dans le laboratoire de biologie de l’entreprise. Leurs premiers tests montrent que la série de répétitions est bien lue par la cellule sous forme de courts ARN distincts, comme dans un système CRISPR. Mais l’entreprise reconnaît que ses travaux pour comprendre la fonction de ce système sont toujours en cours.
Que valent vraiment ces résultats ?
Les scientifiques contactés par Numerama se montrent probablement très prudents, ne souhaitant pas encore répondre à cette question ou ne donnant pas suite à nos demandes, sans doute parce que la relecture d’une étude de cette taille prend du temps. Mais de premières réactions à l’annonce d’Anthropic se sont déjà fait entendre en ligne.
Anthropic met de son côté en avant l’avis de Feng Zhang, l’un des pionniers de l’édition du génome par CRISPR, professeur au MIT et au Broad Institute, qui a lu la prépublication. Il juge l’identification de ces répétitions associées à des transcriptases inverses « vraiment intrigante » et estime qu’elle « mérite d’être approfondie. »
« Pour résumer de manière très simplifiée ce qu’ils ont fait, ils ont remarqué deux gènes (l’un connu, l’autre nouveau) situés à proximité d’un fragment d’ADN répétitif inhabituel. […] Ce type de processus a été utilisé pour comprendre le système CRISPR dès 2002 et a joué un rôle clé dans le développement des outils d’édition génétique que nous utilisons aujourd’hui », commente sur X Lucas Harrington, chercheur spécialisé dans les biotechnologies, qui a obtenu son doctorat à UC Berkeley, au sein du laboratoire de Jennifer Doudna (la co-lauréate du prix Nobel de chimie en 2020). Il est aussi le cofondateur de Mammoth Biosciences, une entreprise de biotechnologie.
« La partie la plus difficile consiste à comprendre ce que le système fait réellement »
« Trouver un regroupement inhabituel de gènes et de séquences répétées est souvent la partie la plus facile. La partie difficile, et celle d’où proviennent les véritables découvertes, consiste à comprendre ce que le système fait réellement. » Tout en soutenant cette recherche, et en exprimant sa curiosité pour ce qu’elle pourra apporter, Lucas Harrington tempère la portée de l’annonce. « Annoncer ces résultats très préliminaires et progressifs en les présentant comme une découverte majeure n’aide en rien. » Selon lui, il serait préférable qu’Anthropic « place la barre très haut dès maintenant », et attende que l’IA ait vraiment découvert « un mécanisme biologique fondamentalement nouveau » pour faire une annonce en grande pompe.
Anthropic a-t-il précipité son annonce ? C’est ce qu’estime également Ravid Shwartz Ziv, chercheur en IA chez Meta (au sein de Meta Superintelligence Labs), formé en post-doctorat aux côtés de Yann LeCun. Sur X, il a réagi à l’annonce faite par Dario Amodei, le cofondateur et CEO d’Anthropic. « Il sait que s’il était entré dans le bureau de Bill (son directeur de thèse) en lui disant ‘on a trouvé un système intéressant, mais on ne sait toujours pas à quoi il sert’ et en affirmant qu’il était prêt à obtenir son doctorat, Bill l’aurait mis à la porte. Mais d’une manière ou d’une autre, alors que l’introduction en bourse approche à grands pas, le discours devient ‘l’IA commence à porter la recherche biologique’. »
Le chercheur fait allusion au projet d’introduction en Bourse d’Anthropic. Le lancement de l’opération est évoqué pour la mi-octobre, sans date officielle.
Pour Alex Harding, médecin et chercheur spécialisé en édition génomique, ancien responsable du développement commercial de CRISPR Therapeutics, il n’y a même pas de vraie découverte. « Il existe d’innombrables séquences de type CRISPR cachées dans les génomes de nombreux organismes […]. C’est bien connu. La grande majorité d’entre elles ne présentent aucun intérêt. Ce n’est pas une découverte remarquable. »
La « découverte » elle-même, et la manière dont elle a été annoncée, suscitent donc déjà de nombreuses réserves. Le point qui semble faire le plus consensus est la capacité de l’IA à extraire une information intéressante d’une masse de données que les humains auraient mis trop longtemps à éplucher pour le même résultat. En cherchant et en codant, Claude a fait des comparaisons et trouvé un motif intrigant, qui n’aurait peut-être pas été repéré sans cela.
Cette avancée montre ainsi l’intérêt que peut avoir l’automatisation des recherches en bioinformatique. Cela dit, Claude est resté dans un rôle de « fouille » et d’analyse des données, sans devenir un biologiste. Les biologistes ne savent pas encore à quoi sert ce système. Son intérêt n’est pas démontré, pas plus que son lien avec la technique CRISPR. Anthropic indique que des expériences sont en cours pour comprendre à quoi sert ce système, sans donner de calendrier. Tant qu’elles n’auront pas abouti, rien ne dit qu’il pourra servir d’outil en médecine ou en biotechnologie.
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