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Tout comprendre aux mutations du coronavirus SARS-CoV-2 en 5 questions

Est-ce rare que le coronavirus mute ? La variante dite « anglaise » est-elle plus contagieuse ou plus dangereuse ? Voici des réponses simples aux questions principales sur les mutations liées à la maladie Covid-19.

Une nouvelle souche du coronavirus SARS-CoV-2, surnommée « variant anglais », est apparue lors de l'automne 2020 au Royaume-Uni. Depuis le mois de décembre, sa haute contagiosité a provoqué une hausse des cas sur le territoire britannique, donnant lieu à un nouveau confinement similaire à celui du printemps 2020.

Cette variante, qui n'est pas la seule en circulation, provient de plusieurs mutations du pathogène, qui a donc évolué. Voici ce qu'il faut retenir des mutations liées à la maladie Covid-19 : origines, contagiosité, impact sur les vaccins.

Pourquoi le coronavirus mute-t-il ?

Le coronavirus mute car tous les virus mutent. Ce n'est ni surprenant, ni rare. La plupart du temps, ces mutations n'ont pas d'impact significatif sur le pathogène. Le coronavirus SARS-CoV-2 avait déjà connu plus de 12 000 mutations détectées, à l'automne 2020. Aucune n'a provoqué de vrai changement. Comme l'expliquait l’épidémiologiste moléculaire Emma Hodcroft dans Nature,  le coronavirus SARS-CoV-2 a un faible taux de mutation, justifiant en partie pourquoi elles portent si peu à conséquences. Le virus « n’accumule par mois que deux mutations d’une seule lettre dans son génome — un taux de changement qui représente environ la moitié de celui de la grippe et un quart celui du VIH ».

Quelques fois, au fil de l'évolution d'un virus, une mutation peut provoquer un changement plus important dans le matériel génétique du pathogène, ce qui pourra alors modifier sa transmissibilité ou sa virulence pour ses hôtes. La mutation D614G avait donné lieu à ce type de spéculations, tout comme celle ayant eu lieu chez les visons, mais les études n'avaient montré qu'un faible effet sur le virus. En revanche, les mutations ayant récemment donné lieu à la « variante anglaise » et à la variante « sud-africaine » ont bel et bien généré un changement important en matière de transmission (contagiosité).

Que sait-on du « variant anglais » ?

Le variant anglais, appelée scientifiquement VOC 202012/01 ou bien B.1.1.7, a été détecté pour la première fois à l'automne 2020. On parle de variante puisqu'elle a connu plus d'une dizaine de mutations, suffisamment pour qu'elle diverge des autres lignées du coronavirus SARS-CoV-2. La dénomination « variante anglaise » provient tout simplement de la zone de sa première détection par les scientifiques, le Royaume-Uni, où elle trouve le plus probablement son origine et où elle s'est imposée comme souche principale. La variante n'est toutefois plus limitée à ce pays, puisqu'elle a maintenant été détectée dans des dizaines de pays.

Dans cette variante B.1.1.7, les mutations ont atteint la protéine Spike. C'est notamment le cas de la mutation appelée N501Y, qui affecte la liaison avec les enzymes ACE2. Le coronavirus s'accroche aux cellules humaines via la protéine Spike et, principalement, en la liant avec ces enzymes. Raison pour laquelle, d'ailleurs, cette protéine est ciblée par les vaccins. C'est le type de mutations qui advient rarement, mais peut avoir un véritable effet sur le comportement du virus. Le « variant anglais » est donc significatif.

On retrouve cette mutation N501Y au sein d'une seconde variante significative, dite sud-africaine car apparue en Afrique du Sud, et nommée 501.V2 (pour signifier qu'elle est la deuxième souche à contenir la mutation N501Y). Moins de travaux ont été publiés au sujet de la variante sud-africaine, mais on sait qu'elle est probablement aussi contagieuse que celle dite anglaise.

D'autres variantes ont été détectées, qui manquent encore d'études de suivi détaillées, comme le variant brésilien (découvert au Japon auprès de quatre voyageurs venant du Brésil), ou le variant californien, appelé CAL.20C.

La contagiosité peut-elle augmenter avec les mutations du coronavirus ?

La variante anglaise n'est pas plus dangereuse, au sens où les risques de formes graves ne sont pas accrus -- il n'y a en tout cas aucune preuve en ce sens, contrairement à ce qu'a affirmé Boris Johnson.

En revanche, très tôt, il est apparu que cette nouvelle souche pourrait être la cause de l'augmentation du nombre de cas au Royaume-Uni. Les premières études tendent à montrer que sa transmissibilité est plus importante. Des travaux de la London School of Hygiene and Tropical Medecine suggèrent que la contagiosité augmente de 50 à 74 % avec cette variante, ce qui accroît donc le taux de reproduction du virus (ce taux correspond au nombre de personnes qu'une personne positive peut contaminer).

Le CDC Européen a quant à lui conclu à une « transmissibilité accrue de manière significative, ce qui a contribué à augmenter l’incidence, les hospitalisations et la pression sur le système de santé depuis la deuxième moitié du mois de décembre 2020 », s’appuyant principalement sur une étude publiée dans Eurosurveillance.

Les vaccins sont-ils efficaces contre les variantes ?

Puisque les mutations de la variante touchent à la protéine Spike, ciblée par les vaccins, quelques inquiétudes ont émergé quant à l'efficacité des vaccins de Pfizer, Moderna et AstraZeneca. Toutefois, il semblerait que ces derniers ne soient absolument pas compromis. De premières analyses ont montré que la variante britannique ne résiste pas à la réponse immunitaire produite par les vaccins qui ciblent la protéine Spike, car elle n'a pas muté en intégralité, seulement dans quelques régions, or ces vaccins visent des régions variées de la protéine.

Les laboratoires Pfizer ont par ailleurs diffusé des résultats prometteurs de leurs tests face à la variante : à partir du sang prélevé auprès de patients vaccinés, les chercheurs ont pu observer que le vaccin fonctionne contre la mutation N501Y. Cela reste encore des résultats limités en portée définitive -- ils n'ont pas encore été relus par un comité indépendant et ne portent que sur une mutation.

De son côté, Moderna a également annoncé, après avoir réalisé plusieurs essais, que son vaccin à l'ARNm est efficace pour protéger l'organisme contre les variants britanniques et sud-africains.

Les variantes sont-elles présentes en France ?

Les variantes britanniques et sud-africaines se sont diffusées dans plusieurs régions du monde, y compris la France. Des clusters comprenant la variante issue du Royaume-Uni ont été détectés à Marseille, ainsi qu'à Paris, en Bretagne ou en Corse. Un premier cas de la variante sud-africaine a également été relevé fin décembre. Au total, le 20 janvier 2021, on relève 131 cas d’infections au variant anglais et 10 cas d’infections au variant sud-africain.