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Le coronavirus SARS-CoV-2 serait un hybride issu de la chauve-souris et du pangolin

Le coronavirus SARS-CoV-2, à l'origine de l'actuelle pandémie, est d'origine animale. En tant que maladie de type « zoonose », elle est passée de l'animal à l'humain. Mais que sait-on au juste sur cette mutation ? Dans un premier temps, les études scientifiques pointaient un coronavirus issu des chauve-souris. Puis le pangolin a plutôt été désigné par d'autres travaux. La sauve-souris est ensuite revenue sur le devant de la scène. Une nouvelle étude synthétique parue dans Science Advances suggère que la réponse est tout simplement à trouver dans une hybridation entre deux coronavirus liés à ces deux espèces.

« Tout comme le SRAS initial qui est passé des chauves-souris aux civettes ou le MERS qui est passé des chauves-souris aux dromadaires, avant de tous deux passer aux humains, l'ancêtre de ce coronavirus pandémique [SARS-CoV-2] a subi des modifications évolutives de son matériel génétique qui lui ont permis d'infecter finalement les humains », avance l'infectiologue Feng Gao, co-auteur de cette étude.

Une hybridation évolutive qui a permis l'infection des humains

Les auteurs ont étudié génétiquement le nouveau coronavirus SARS-CoV-2. Sa structure montre que le coronavirus qui lui est le plus proche provient des chauve-souris. Les coronavirus issus des pangolins sont trop différents de SARS-CoV-2 dans leur structure pour en être la base. Mais ce coronavirus de chauve-souris reste très différent de SARS-CoV-2, puisqu'il n'a pas de protéine apte à infecter des êtres humains. Les scientifiques expliquent que ce coronavirus initial a muté, en récupérant un composant génétique essentiel chez un coronavirus de pangolins : la protéine « Spike ». Cette protéine -- qui ressemble à la pointe d'une flèche -- permet de s'accrocher à des cellules humaines afin que l'agent infectieux s'y reproduise.

En clair, le coronavirus SARS-CoV-2 proviendrait d'un coronavirus de chauve-souris qui s'est hybridé avec un coronavirus de pangolin, en récupérant de lui un outil clé pour infecter des humains. « Dans notre étude, nous avons démontré que le SARS-CoV-2 a une histoire évolutive riche qui implique un remaniement du matériel génétique entre le coronavirus des chauves-souris et celui des pangolins avant qu'il n'acquière sa capacité à sauter à l'homme », indique Elena Giorgi, qui a co-dirigé l'étude.

Ce type de recombinaison fait partie des évolutions biologiques possibles. En infectant un même hôte, deux virus « échangent » du matériel génétique. Il se peut d'ailleurs qu'une troisième espèce, difficile à identifier, soit impliquée dans cette chaîne évolutive, comme le relèvent les chercheurs. Quoi qu'il en soit, ils remarquent que « les trois coronavirus humains (SARS, MERS, SARS-Cov-2) sont le résultat d'une recombinaison parmi les coronavirus ».

L'occasion pour eux de rappeler que les activités humaines ont tendance à favoriser ces zoonoses : typiquement, dans un marché aux animaux, la configuration « peut accroître les infections inter-espèces, en activant des recombinaisons entre des coronavirus pourtant distants et avec l'émergence d'hybrides portant de nouveaux phénotypes ». Si une chose est bien claire d'après les auteurs de cette étude, c'est que réduire voire éliminer au maximum les contacts humains avec les animaux sauvages doit devenir un défi critique pour « empêcher de nouvelles zoonoses de coronavirus dans le futur ». Et ils ne sont pas les premiers scientifiques à tirer cette sonnette d'alarme.